Investigadores obtienen la secuencia completa del genoma de una bacteria de importancia para la alimentación y salud, aislada de la uvilla
Investigadores de la Universidad Técnica del Norte e Instituto Nacional de Biodiversidad (INABIO) aplicaron una secuenciación de lectura larga basada en Oxford Nanopore MinION para obtener la secuencia completa del genoma de una cepa de Escherichia coli resistente a múltiples fármacos, aislada de frutos comerciales de uvilla (Physalis peruviana) en Ecuador.
La uchuva, conocida localmente como uvilla, es una fruta súper nutritiva y exquisita que requiere atención, ya que su valor depende también de su manejo para garantizar la inocuidad y calidad en mercados y cadenas de comercialización. Entre un grupo de aislados resistentes a antibióticos, se seleccionó un aislado anotado L1PEag1 y se secuenció todo el genoma. A través de varias herramientas de laboratorio se caracterizó el potencial genético de la bacteria.
Los investigadores, Diana Molina, Julio C. Carrión–Olmedo, Pablo Jarrín–V y Gabriela N. Tenea, con la ayuda de herramientas bioinformáticas y ensayos prácticos de laboratorio determinaron en la bacteria aislada de la uvilla la presencia y características de genes resistentes a antibióticos, factores de virulencia, genes útiles para la ingeniería genética (CRISPR) y actividades específicas del metabolismo bacteriano.
Además de explorar, caracterizar, anotar y describir el genoma de esta bacteria asociada a la uvilla, la investigación contribuye a los esfuerzos actuales para llamar la atención sobre la contaminación de los alimentos con bacterias patógenas y a la búsqueda de soluciones para combatir la contaminación cruzada, ayudando a promover la salud pública y garantizar sistemas alimentarios más seguros, eficientes y productivos.
Hay que destacar que toda la investigación fue realizada en el Ecuador, incluyendo la secuenciación completa del genoma bacteriano, proceso que fue realizado en el Laboratorio de Secuenciamiento de Ácidos Nucleicos del INABIO. La colaboración en red, que potencia las mejores habilidades y características entre instituciones, permitió que este trabajo salga a la luz. El trabajo colaborativo, esta vez entre la Universidad Técnica del Norte y el INABIO es también un paso que fortalece aquellos procesos fundamentales de la investigación científica que permiten generar valor a través de la tecnología y conocimiento, directamente asociados a procesos productivos y agregadores de valor.
La investigación, de acceso público y gratuito, está disponible en la Revista Frontiers in Microbiology: https://www.frontiersin.org/journals/microbiology/articles/10.3389/fmicb.2024.1392333/full
El INABIO es una institución que busca generar conocimiento y desarrollar ciencia, tecnología e innovación que requiere el Estado ecuatoriano para garantizar la conservación de su patrimonio natural mediante el uso soberano, estratégico y sustentable de la biodiversidad y sus componentes. De manera sinérgica, el fortalecimiento de programas y proyectos de investigación, junto a instituciones académicas nacional e internacional, permiten alcanzar objetivos estratégicos detallados en la Agenda Nacional de Biodiversidad de Ecuador.
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